이온크로마토그래피의 시료분리방법은 이온교환(Ion exchange), 이온쌍결합(Ion pair), 이온배제효과(Ion exclusion)또는 착화합물효과(Ion complex) 등을 이용하여 이온 물질들을 각각의 전하를 기초로 하여 분리하는 방법이다. 이온교환은, 특정용매의 시료 내에 녹아있는 각 이온이 이온교환수지 내에서 이동하는 속도가 다르므로 분리가 가능하다. 이 특성을 이용하여 이온교환수지로 채워진 separator column으로 음이온 또는 양이온을 분리하고, 농도는 전도도 측정기로 정량화한다. 그리고, 본 장비는 시료 특성상 전도도에 낮은 감도를 갖는 시료의 경우 (ex. 유기산 등), 이온배제효과(Ion exclusion)를 이용하여 컬럼에서 분리하고 선택적으로 자외선/가시광선(UV/VIS) 검출기로 정량한다.