자신보다 크기가 작은 pore에는 침투하지 못하고 흘러 내려가나 pore 크기보다 작은 분자들은 그 pore에 침투하여 얼마간 머물 수 있습니다. 그럼으로 pore를 통과하는 작은 분자들은 pore를 통과하지 못하는 큰 분자들보다 많은 시간이 소요되어지며 여기서 pore 크기를 달리하는 column들을 연결하면 고분자들을 그 크기에 따라 각각 다른 통과시간을 갖게 되어 분별이 가능하게
됩니다. 즉 크기가 큰 분자부터 크기가 작은 분자순으로 column을 통하여 elution 되어 집니다.