혼합물을 성분별로 분리하는 부분(GC)과 물질을 확인하는 부분(MS)으로 나뉜다. GC로 분리된 시료는 적당한 interface를 거쳐 질량분석기에 이르는데 진공 상태에서 이온화시켜 생산되는 여러 질량의 이론들을 mass filter인 사중극자 분석관을 이용하여 질량스펙트럼을 얻어 물질을 확인한다.