혼합물 상태인 유기물이 기체크로마토그래피에 의해 분리된 후 질량분석기 이온원 전자에너지(70eV)에 의해 이온화 되면 이때 생성된 이온은 사중극자에서 질량 대 전하비(m/z)로 분리된다. 각 이온들의 상대 세기를 해석 및 Library를 탐색하여 분리된 물질의 화학적 구조 화학반응 분자량 등을 규명한다. 또한 혼합물 시료를 GC에서 분리 후 이온발생장치에서 생성된 여러 가지 이온 중에서 특정 이온들만을 선택할 수 있는 SIM (Selective Ion Monitoring)을 사용하여 미지의 시료에 존재하는 측정 물질의 양을 정량 할 수 있는 장비이다.