FID는 높은 감도, 넓은 직선성 범위, 높은 검출 능력 때문에 보편적으로 사용되는 GC검출기의 하나이다. FID 작동원리는 유기물이 수소-공기 불꽃에서 연소될 때 양이온과 전자가 생성되는 불꽃 이온화 현상에 바탕을 둔 것이다. 카르보닐기, 카르복실기, 에테르와 같이 완전하게 산화된 탄소에는 감응이 없으며 유기 화합물에 결합된 할로겐, 아미노 및 수산화기의 수가 증가할수록 FID 감응이 감소된다.